Tanto la FEMA como el NIST estudiaron por separado el comportamiento de las torres gemelas tras el impacto de los aviones. Ambos publicaron sendos estudios, en los que señalaban, entre otras cosas, los eventos que produjeron el colapso final.

A pesar de que ambas agencias coincidían en que los edificios colapsaron por la acción combinada del impacto de los aviones y del fuego, hay ciertas diferencias en sus estudios que llevan a los teóricos de la conspiración a decir que se contradicen.

El enfoque de la FEMA se centró en estudiar cómo reaccionó el edificio desde el punto de vista de cómo se repartieron las cargas de peso sobre la estructura en cada momento. En cambio, el NIST, se centró más en analizar cómo se desarrolló el fuego en los pisos, la temperatura que alcanzó, y a la resistencia del edificio.

Ambos estudios coinciden en establecer una serie de sucesos que llevan al colapso:

• El impacto de los aviones eliminó varios elementos estructurales que obligaron a repartir el peso entre las estructuras aún intactas, sobrecargándolas.
  
• El impacto dañó también el recubrimiento aislante contra el calor de las columnas.
  
• El combustible de los aviones inició varios fuegos, que se propagaron por varios pisos.
  
• La falta de revestimiento aislante, unido a las temperaturas de hasta 650 ºC, que debilitaron las estructuras.
  
• El colapso comenzó en los pisos en los que impactaron los aviones.
  

Según la FEMA, el fallo definitivo se produjo en las vigas transversales que unían las columnas exteriores e interiores. El calor las dilató, produciendo tensiones extra en su unión con las columnas interiores y exteriores. Finalmente, las vigas rompieron por ese punto, cayendo sobre el piso inferior.
Según el NIST, la pérdida de resistencia de las columnas produjo un pandeo debido a la alta carga que debían soportar. Finalmente, las tensiones hacen que los pisos tiren de las columnas hacia el interior del edificio, iniciando el colapso.
El NIST sólo llega hasta el punto en que se inicia el colapso. La FEMA en cambio, va más allá, estableciendo cómo se desarrolló: al caer sobre el piso inferior, los escombros adquieren rápidamente una energía cinética, que es suficiente como para para hacer romper el piso inferior por el punto donde se une a las columnas, y así progresivamente, va colapsando piso a piso el edificio entero. Con este modelo de colapso, largas secciones de columnas de la fachada y del núcleo interior quedan en pie, que posteriormente caen de forma aleatoria sobre los edificios y calles colindantes. Y de hecho, es algo que se puede llegar a observar en las imágenes.

En realidad, ambos informes llegan a las mismas conclusiones. En lo fundamental, la serie de eventos que influyen en el inicio del colapso, ambos estudios son coincidentes. Las diferencias vienen en cambio en cómo se inició exactamente el colapso, proponiendo mecanismos distintos para el fallo definitivo, que incluso se podrían llegar a considerar complementarios. De hecho, la FEMA también señala que se podría producir el pandeo de las columnas como un factor más que contribuiría al fallo en la unión de las vigas con las columnas.

En definitiva, los estudios de la FEMA y NIST no son contradictorios, sino coincidentes, y complementarios, ya que abordan el suceso desde puntos de vista distintos, pero no necesariamente opuestos.