La investigación de los atentados comenzó el mismo día en que se produjeron. El FBI, como agencia pertenciente al departamento de justicia estadounidense, fue la encargada de llevar a cabo esta investigación, y esclarecer los hechos y circunstancias. Su investigación es la base de lo que se ha llamado la versión oficial.

Otras agencias han investigado otros aspectos del atentado. Por ejemplo, el estudio de los vuelos realizados por los aviones secuestrados, aunque originalmente fue llevado a cabo por el FBI, también lo realizó el NTSB. Y el estudio de las causas del desplome de las torres gemelas lo llevaron a cabo la FEMA y el NIST independientemente. Gran parte de las conclusiones de estas investigaciones se hallan recogidas en el informe de la Comisión del 11-S.

Sin embargo, casi al mismo tiempo que se publican y conocen datos de la investigación, y lo que es el relato oficial, surgen las teorías alternativas que reinterpretan los hechos y datos para ajustarlos a otra realidad. Muchas veces, estas interpretaciones quieren señalar contradicciones o aspectos poco claros del relato oficial para demostrar su falsedad, y por ende demostrar una conspiración que se nos quiere ocultar.

La mejor manera de analizar un suceso de tales dimensiones, es analizar por separado distintas partes de él. Pero sin perder de vista nunca la perspectiva, de forma que una vez unidas todas las piezas, se obtenga un relato coherente. Sin embargo, la mayoría las explicaciones alternativas se reducen a puntos concretos del relato, que resultan imposible pegar en un solo cuadro que describa un relato coherente.

Muchas veces, estas explicaciones alternativas surgen de aparentes contradicciones o datos que aparentan ser falsos en los documentos y estudios que conforman la versión oficial. Otras veces, están apoyados en recortes de prensa.

Para poder analizar y confrontar la versión oficial con la teoría de la conspiración, se hace necesario primero definir qué es y conocer qué dice la versión oficial. Así, tomaremos como versión oficial el relato que se deduce de los documentos y estudios siguientes:

- Investigación del FBI: PENTTBOMB
- Informe de la Comisión del 11-S
- Informe del FEMA
- Informe del NIST
- Informes del NTSB